El Colegio Huelén es encabezado por un Consejo de Dirección que asume la misión directiva de manera colegiada. Integran esta instancia miembros con responsabilidades específicas inherentes a sus cargos. Sin embargo, todos participan colaborativamente en la fijación de líneas de trabajo y en la toma de decisiones respecto del colegio en su conjunto; cada una aportando con su experiencia, su profesión en los asuntos sometidos a discusión, revisión o resolución.
Directora: Carola Reyes.
Subdirectora Primer Ciclo: Bernardita Morales.
Subdirectora Segundo Ciclo: María Paz Ossandón.
Subdirectora Tercer Ciclo: Carolina Soto.
Secretaria General: Macarena Urrutia.